Rechnungsnummern fortlaufend oder willkürlich vergeben?
Bei der Vergabe von Rechnungen stellt sich die prinzipielle Frage des Vergabesystems. Jedes System hat entsprechende Vor- und Nachteile.

Generierung von Rechnungsnummern
Wird ein Unternehmen neu gegründet oder stellt es seine Fakturierung auf ein neues System um, so stellt sich die Frage, wie in Zukunft die Rechnungsnummern generiert werden sollen. Diese müssen den Grundsatz der Eindeutigkeit erfüllen, es darf also keine doppelten Nummern geben, denn dann wäre die Rechnung nicht mehr eindeutig zu identifizieren. §14 Ausstellung von Rechnungen im Umsatzsteuergesetz 4. (4) fordert „eine fortlaufende Nummer mit einer oder mehreren Zahlenreihen, die zur Identifizierung der Rechnung vom Rechnungsaussteller einmalig vergeben wird (Rechnungsnummer)“.
So mancher Unternehmer lässt sich nur ungern von einem Großkunden in die Karten schauen. Bei fortlaufenden Nummern wäre offensichtlich, dass es keine anderen Kunden gibt und der Lieferant von diesem Schlüsselkunden abhängig ist. Vielleicht könnte aber auch ein Konkurrent bei Vorliegen von nur einer Rechnung durch die Anzahl der gestellten Rechnungen Rückschlüsse auf die Umsatzentwicklung des Rivalen schließen? Aus diesen Gründen werden in der Praxis öfters höhere Startwerte gewählt oder Algorithmen angewendet und beispielsweise nur gerade Rechnungsnummern generiert.
Allerdings besteht bei lückenhafter Nummerierung die Gefahr, dass im Falle einer Betriebsprüfung das Finanzamt skeptisch wird. Gibt es Unstimmigkeiten in Bezug auf die fortlaufende Nummerierung, kommt schnell der Verdacht auf, dass die fehlenden Rechnungsnummern durchaus existieren und diese Rechnungen gestellt, aber nicht ordnungsgemäß versteuert wurden. Neben der Stimmigkeit für das Finanzamt, spricht aber auch der interne Überblick für fortlaufende Nummern. Der Unternehmer weiß stets, wie viele Rechnungen er bereits gestellt und welche Nummern bereits vergeben wurden.
Nun wollen manche Unternehmen die Vorteile der willkürlichen Nummerierung nutzen und gleichzeitig die daraus entstehenden Nachteile vermeiden, in dem sie für ein und dieselbe Rechnung eine interne und eine externe Rechnungsnummer vergeben. So können Kunden oder Konkurrenten keine Rückschlüsse darauf ziehen, wie die Geschäfte des Unternehmens laufen, da die externe Nummerierung einem Algorithmus folgt. Kommt es zu einer Betriebsprüfung, legt man den Beamten des Finanzamts eine Liste mit Zuordnungen von fortlaufenden internen zu abweichenden externen Rechnungsnummer vor.